Dat is lastig te meten. Daarom spreken we in Nederland bij dierproeven ook niet over pijn, maar over 'ongerief'. Daarmee bedoelen we niet alleen pijn, maar ook stress, alleen-zijn, angst of ziekte. We hanteren een schaal van 1 tot 6 om ongerief te meten. Zo valt onder schaal 3 het onder narcose brengen van een proefdier en het dier daaruit laten ontwaken. Onderzoekers zijn verplicht pijn zo veel mogelijk tegen te gaan, bijvoorbeeld door verdoving of pijnbestrijding. Of door een dier te doden voordat ernstige pijn optreedt.
In 2009 was bij 89% van de dierproeven sprake van gering tot matig ongerief; voornamelijk muizen. Zeer ernstig ongerief komt in Nederland heel weinig voor (0,01%).
De meeste dieren sterven ten behoeve van de proef (86%). Dit is nodig omdat de meeste informatie waar de onderzoeker naar speurt, opgeslagen ligt in het lichaam van het proefdier. Deze informatie is alleen te achterhalen door de weefsels en organen van het dier te bestuderen. Bij het doden van het proefdier streeft de onderzoeker ernaar geen ongerief te veroorzaken.
Denk aan:
Uiteraard kunnen proefdieren ook worden onderzocht zonder ze te doden:
De dieren die na het einde van de proef in leven zijn gelaten, kunnen worden ingezet bij een tweede proef. De meeste hiervan gaan terug naar de stal of boerderij waar ze vandaag komen. Een klein gedeelte wordt bij particulieren ondergebracht.

Humane eindpunten
Onderzoekers houden steeds meer rekening met het zogenaamde 'humane eindpunt'. Dit betekent dat proefdieren met een dodelijke ziekte of tumor worden gedood als de symptomen daarvan nog mild zijn. Ernstig lijden wordt zo voorkomen. Het blijft echter lastig om objectief vast te stellen wanneer het 'humane eindpunt' is bereikt en er dus voldoende aanleiding is om het dier te doden.
Redenen voor het vervroegd doden van ratten en muizen zijn bijvoorbeeld: